对预测基因的功能注释(一) Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/...
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发布时间：2024-10-21 21:33
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时间：2024-11-15 21:41
在研究基因功能注释的过程中，一项关键步骤是通过发掘新基因和转录本来补充现有基因组信息。首先，利用StringTie软件对Mapped Reads进行分析，与原有注释对比，以识别未被标记的新转录区域。为实现这一点，需要构建和下载各种蛋白数据库，如Nr/Nt/GO/Kegg/Swiss-Prot/COG/KOG/eggNOG/Pfam/String等。
KEGG，作为代谢通路研究的重要数据库，整合了基因组、化学、系统及疾病信息。构建索引时，应参考之前的文章，比如BLAST本地化教程。UniProt，作为蛋白质序列数据库的瑰宝，包含Swiss-Prot（高质量、人工注释）和TrEMBL（计算分析结果）两部分。为了提高比对效率，可以从其官网下载按物种划分的子库。
COG数据库通过比对识别蛋白功能，而COG的分类信息和详细数据则在fun2003-2014.tab等文件中提供。KOG是真核生物蛋白聚类，其功能分析基于基因组相似性。EggNOG扩展了COG，提供全基因组范围的直系同源组注释，适用于谱系特征基因分析。
下载EggNOG数据库时，注意使用NCBI Taxid进行物种分类。Pfam数据库则根据蛋白质家族特征进行分类，需要下载HMM文件并转换为二进制格式。STRING数据库则关注蛋白质之间的相互作用关系，而AnimalTFDB3.0和PlnTFDB则聚焦于动物和植物转录因子的分析。
在分析过程中，涉及下载和合并多个物种的转录因子和转录辅助因子数据，以及HMM文件和蛋白质序列。通过这些数据库和工具，科学家们能够对新发现的基因进行详细的注释和功能预测。
