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干货| qPCR实验中,怎么确定cDNA的稀释梯度呢?

发布网友 发布时间:2024-10-23 12:11

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热心网友 时间:2天前

在qPCR实验中,决定cDNA稀释梯度的关键在于确保实验的准确性和可重复性。以下是两种常见的cDNA投入策略及其可能遇到的问题:


1. 依赖实验室传统稀释倍数:这种方法可能基于前人经验,但忽略了不同RNA样本表达量的差异。如果样本表达量低,而按照高表达样本的稀释比例,可能导致扩增效果不佳甚至无效。


2. 使用NanoDrop测定浓度:尽管可以提供浓度信息,但紫外吸收法对溶液的pH和盐浓度敏感,cDNA中的杂质可能影响测量结果。未纯化的cDNA含有多种杂质,这使得直接测定浓度不准确。


为了准确确定cDNA稀释梯度,以下是两种方法:



方法一:做梯度稀释,通过qPCR找出15-33 CT值范围内的最佳稀释度。例如,对GAPDH内参基因进行10倍稀释,选择使CT值在15-33之间的稀释梯度。
方法二:针对未知体系,先用原液测CT值,通过调整稀释倍数使目标CT值达到预期。例如,若GAPDH原液CT=10,需稀释1024倍以达到20 CT值。

极端情况下,可以对目的基因和内参基因分别选择不同的稀释梯度,以兼顾高表达和低表达。但要注意,稀释梯度的不一致在相对定量计算中会被自动抵消,前提是内参基因和目的基因在所有组别中使用相同的稀释梯度。


综上,确保cDNA稀释梯度的准确性是qPCR实验成功的关键步骤,通过科学的方法和设备选择,可以大大提高实验结果的可靠性。

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