数据分析| Origin 也能做主成分分析?
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发布时间:2024-10-01 03:25
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时间:2024-11-21 12:59
即使是从数据分析新手的角度,Origin也能胜任主成分分析这一任务,尤其适用于高通量测序数据的可视化处理。下面,我们将一步步演示如何使用Origin进行主成分分析并生成散点图。
首先,理解PCA是降维工具,通过将高维数据转换为低维表示。例如,一个包含1300多个基因表达量的6个样本数据,可通过PCA降至二维。我们使用OmicShare的示例数据,可从其官网下载练习(omicshare.com/tools/Hom...)。
处理数据时,将数据转置(Sheet1 →Sheet3),添加分组列以便于颜色编码。在Origin中,找到右侧的Apps菜单,选择PCA插件,输入数据时注意数据的添加方法。选择2D散点图(或3D以显示更多维度),然后确认分析和作图。
对于大规模数据,可以显示置信区间椭圆以增强可视化效果。最后,通过调整图表细节,如标记、颜色和标签,可以得到清晰的可视化结果。
Origin的便捷性在于它丰富的扩展工具,只需将.opx文件拖入即可安装,推荐使用Origin 2017及以后版本。本文提到的PCAC插件和示例数据已上传到论坛,感兴趣的读者可以下载实践。