全基因组重测序技术路线
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发布时间:2024-07-03 18:47
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热心网友
时间:2024-07-18 04:50
首先,全基因组重测序的步骤是:从生物样本中提取基因组DNA,通过Covaris技术进行随机打断,随后通过电泳技术筛选出目标长度的DNA片段,通常在0.2至5kb之间。这些片段会被加上特定接头,进一步进行cluster制备,可以选择Solexa方法(利用单分子测序)或SOLiD方法(利用双末端扩增)进行扩增。以SOLiD为例,整个实验流程在图1-1中有详细描述。
双末端测序(Paired-End)的核心原理是通过获取DNA片段的两端序列,以提高测序精度和覆盖度。测序深度,即测得的碱基总量(bp)与基因组大小(Genome)的比率,是衡量测序量的重要指标。随着测序深度的增加,基因组覆盖度通常会提升,因为高深度的测序有助于减少错误率和假阳性结果。对于重测序个体,若采用Paired-End或Mate-Pair策略,当测序深度达到10至15倍时,可以确保基因组覆盖度的稳定和测序错误率的有效控制,无论是纯合体(HOM)还是杂合体(HET)的情况。