COMPASS力场
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发布时间：2024-05-02 00:19
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热心网友
时间：2024-05-05 14:29
compass
英 ['kʌmpəs]
美 ['kʌmpəs]
n. 指南针，罗盘；圆规
vt. 包围
inversion energy
反转能量
热心网友
时间：2024-05-05 14:29
COMPASS手册中有描述，可以自行搜索，定义如下
Out of plane energy term - energy penalty for atom 1 lying
out of the plane of atoms 2, 3 and 4.
热心网友
时间：2024-05-05 14:30
能量瓶身冷却器
分子力场不同分子力场间的区别
首先，力场的核心组成部分是原子类型、势函数和力场参数。每种力场的函数形式可能各异，即使函数形式相同，参数也可能有所差别。例如，一些力场如考虑氢键的存在，会包含相应的氢键势函数；而针对极化的力场则会包含极化函数，体现了模型的不同侧重点。其次，力场参数的生成依赖于特定的分子力学模型。生物模拟...
compass 力场中inversion energy是什么意思
compass 英 ['kʌmpəs]美 ['kʌmpəs]n. 指南针，罗盘；圆规 vt. 包围 inversion energy 反转能量
gromacs教程-5-了解什么是力场
精细化如CVFF，专为有机分子设计，精细到每一个原子的交互；CFF则覆盖更广泛的分子类型，适用于凝聚相模拟，如COMPASS的优化。反应力场的独特之处在于:</ REBO是固体领域的专家，无非键参数，但后来引入了C、H的LJ参数，使得ReaxFF在处理化学反应，如爆炸和燃烧过程时表现出色，支持多种元素，尽管计算速...
Materials-Studio模块——分子力学与分子动力学
Materials Studio的各个模块在分子力学和分子动力学领域发挥着关键作用。Discover，作为计算引擎，凭借多种经过验证的力场，能精确计算最低能量构象并模拟不同条件下的动力学行为，适用于Amorphous Cell等产品。COMPASS则是一个强大的凝聚态材料模拟力场，适用于孤立分子和凝聚态体系，包括有机和无机材料的模拟，...
分子力场的不同分子力场间的区别
分子力场有很多，比如生物模拟常用的AMBER, CHARMM, OPLS, GROMOS，材料领域常用的CFF, MMFF, COMPASS等等。他们的区别在哪里呢？一个力场通常包括三个部分：原子类型，势函数，和力场参数。也就是说不同的力场，他们的函数形式可能不一样，或者函数形式一样而力场参数不一样。其中，最关键的差别取决于...
MD力场与生成工具简介
常见的力场包括 Amber、OPLS、CHARMM、COMPASS、MMFF94、EAM、CVFF、UFF、Dreiding 等。MMFF94 被认为是最准确的力场之一，而 EAM 和 CVFF 适用于金属、无机类体系。UFF 和 Dreiding 是通用力场，适用于所有元素的计算。这些通用力场基于规则，其参数是基于原子性质计算所得。力场函数形式多样，OPLS 力场...
Materials Studio官方教程:Forcite——运行限制性剪切计算【2】_百 ...
进行剪切计算之前，首先进行短时间几何优化和长时间NVT动力学，以平衡十三烷聚合物结构。为平衡聚合物中的原子位置，限制铁原子位置。在3D viewer中，选择并固定铁原子位置，然后弛豫十三烷结构。利用Forcite Calculation对话框，设置任务为几何优化，选择COMPASSIII作为力场，调整电荷组方法为Group based。计算...
Materials Studio详细资料大全
COMPASS力场是通过Discover模组来调用的。 ·MS.Amorphous Cell Amorphous Cell允许你对复杂的无定型体系建立有代表性的模型,并对主要性质进行预测。通过观察体系结构和性质的关系,可以对分子的一些重要性质有更深入的了解,从而设计出更好的新化合物和新配方。可以研究的性质有:内聚能密度(CED)、状态方程行为、链堆砌...
materials studio 模拟扩散系数有几种方法
；水密度 0.997g/cc。在 Setup 选项卡中，选用 Compass 力场；Job description 可设置任务名称。 1 点击 Construct 开始构建，在 Project explorer 中出现了一个新的名为 Sketch 1 AC Constr 的文件夹。计算结束后产生一个包含 500 个水分子无定形体系的轨迹文档 Sketch 1.xtd，如 下图。
MS运行时CPU占用率很低,怎么设置多核并行呀
在job control 里有个run in parallel on ? of 4或者8 processors.不管选4还是8个，windows里显示的进程cpu占用率加起来应该接近100%就是正常的。内存Max, memory里设置大点就可以。compass里没有1个粒子的力场，可能是那个金属原子的力场没找到。
