环状RNA成环验证实验哪里能做？
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发布时间：2024-05-02 00:48
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时间：2024-08-17 14:34
随着对circRNA研究的越来越多，已知的circRNA数据信息在快速增长，在这里我们肽度时界（timedoo）整理了当前circRNA相关的数据库列表，希望能帮到您：
1.circBase[1]，是一个通过收集和整合已经发布的circRNA数据构建的数据库。目前该数据库收集包括以下6个物种的circRNA信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库最新版本发布时间为2014年1月。网址：http://www.circbase.org/。通过在搜索界面中的list search提交circBase支持的circRNA ID号或基因组区域位置信息，可以快速查询相关circRNA信息；研究者也可以通过tablebrowser进行条件设置，筛选自己所需要的circRNA数据。
2.circRNABase[2] , 该数据库通过整合已发表的circRNA数据，构建miRNA与circRNA以及circRNA与RNA结合蛋白（RBP)的互作网络。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://starbase.sysu.e.cn/mirCircRNA.php
3.Circ2Traits[3] ，是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。该数据库通过预测miRNAs和人类的蛋白质编码基因、长链非编码基因及环状RNA间的相互作用关系，构建了相互作用网络, 并对miRNAs-circRNA相互作用组中的蛋白编码基因进行了GO富集分析；此外，将与疾病相关的SNPs位点定位到circRNA基因座上，并鉴定了环状RNAs上的Ago相互作用位点。最新版本发布时间：2013年12月 。网址：http://gyanxet-beta.com/circdb/
4.circNet[4]，利用464个RNA-seq测序数据，进行新circRNA预测及基因组注释，并计算已知的及新预测的circRNA表达情况，构建circRNA-miRNA-genet*网络，以上信息均可从该数据库获得。版本发布时间：2015年12月 。网址：http://circnet.mbc.nctu.e.tw/
5.deepBase v2.0[5]平台, 该数据平台收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等），并构建了最全面的circRNA的表达图谱。最新版本发布时间：2015年10月 网址：http://deepbase.sysu.e.cn/
6.CircInteractome[6]该数据库预测了已知的109个RNA结合蛋白数据集与circbase中的circRNA的结合位点，并利用Targetscan软件预测了miRNAs与circRNA的潜在结合位点。最新版本发布时间：2015年12月网址：http://circinteractome.nia.nih.gov/
你也可以上肽度时界（timedoo）查看circRNA（环状RNA）学术解读资料。
