问答文章1 问答文章501 问答文章1001 问答文章1501 问答文章2001 问答文章2501 问答文章3001 问答文章3501 问答文章4001 问答文章4501 问答文章5001 问答文章5501 问答文章6001 问答文章6501 问答文章7001 问答文章7501 问答文章8001 问答文章8501 问答文章9001 问答文章9501
你好,欢迎来到懂视!登录注册
当前位置: 首页 - 正文

AMOVA软件是否可以分析SNP

发布网友 发布时间:2022-06-02 03:45

我来回答

5个回答

热心网友 时间:2023-10-27 15:46

我的课题是用ISSR检测遗传多样性的,当时在网上搜罗软件的时候就发现,各种软件都有热心网友进行了总结,也写了使用攻略,只是一般都是单个软件写的,找起来挺麻烦,当时找了好几个论坛才找齐,所以我当时对自己说,等我写好论文,我要把这些软件的使用方法全总结在一起,方便大家使用,现在论文撰写总算告一段落了,也该实践这个承诺了。
下面我就依次把POPGENE、NTSYS、AMOV A的使用方法通过图文的方式展现给大家,数据用我自己论文的数据。
不过我的水平有限,也只会对有限的几个参数进行检测,这篇文章也只能作抛砖引玉了,希望有更多的朋友把自己的心得发上来,如果有会用MLTR的也希望能把使用方法拿出来共享一下啦!
生物秀ID:bobolove
第一部分POPGENE 1.32
POPGENE这个软件可以用来测很多遗传多样性参数,包括等位基因数(Na,Ne)、Nei’s 遗传多样性指数(He)、shannon’s多样性信息指数(I)、多态位点百分率(PPB)、遗传分化值(Gst)、基因流(Nm)、遗传距离等等,是用来检测遗传多样性最普遍的软件,使用起来也不难,只要把数据格式弄好就可以了。
1.1 数据格式
数据格式在所有软件使用里都是最重要的,把我们检测到的条带在EXCLE里转换成01矩阵后,要再输入TXT里才能在POPGENE中使用。图1-1是在TXT文档里的数据格式。

图1-1 POPGENE数据格式
1.2 打开软件,载入数据
依次执行:file→load data→dominate marker data(对ISSR来说是显性标记)→目标TXT 文档,打开后如图1-2所示。

图1-2 POPGENE打开数据界面
1.3 数据分析
依次执行:dominant→diploid data→在check all选项上打勾,OK→接下来全部点OK(如果你不想保留全部位点或者居群或者想把居群分为几个组来比较的话可以留意这里的选
项)。好了,结果出来了,如图1-3~图1-8所示

图1-3 POPGENE分析结果

图1-4 遗传多样性指数

图1-5 多态性位点百分比

图1-6 遗传分化系数和基因流

图1-7 遗传距离和遗传一致度

图1-8 基于遗传距离的聚类
1.4 结果的保存
在结果界面直接右键另存为TXT就可以啦,不要保存为doc哦,因为真的不好看。
是不是很简单呢,好了,POPGENE的使用就介绍到这里了,还有不少其他参数,请大
家自己研究啦。
继续阅读

热心网友 时间:2023-10-27 15:46

amovav键可以分析的,看着味道大不大,有的话下载不了也用不了,而且还要看你的炒作啦,最重要的是你学习过程中有过*都失败了,就弄不好就会失败,懂

热心网友 时间:2023-10-27 15:47

在研究群体遗传结构时,F-statistics 是广泛采用的模型.但在应用中有一些问题,随着近些年来DNA 分子数据在群体遗传学研究中日益受到重视, F2statistics 也被广泛地应用到各DNA 分子标记中,如SSR、ISSR、RAPD、AFL P 等,但针对其中的显性标记如ISSR、RAPD、AFL P , Fstatistics 的应用则需要一定的前提与假设.另外,在Fstatistics 中,没有考虑等位基因
(单倍型) 之间的差异程度,而这种差异实际上是分子进化的结果.为此,一些对分子进化提出假设的

热心网友 时间:2023-10-27 15:47

哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈

热心网友 时间:2023-10-27 15:48

不呢吧1部电影票房的礼物说数位板,又名绘图板、绘画板、手绘板等等,是计算机输入设备的一种,通常是由一块板子和一支压感笔组成,它和手写板等作为非常规的输入产品相类似,都针对一定的使用群体。用作绘画创作方面,就像画家的画板和画笔,我们在电影中常见的*真的画面和栩栩如生的人物,就是通过数位板一笔一笔画出来的。数位板的这项绘画功能,是键盘和手写板无法媲美之处。数位板主要面向设计、美术相关专业师生、广告公司与设计工作室以及Flash矢量动画制作者。
声明:本网页内容为用户发布,旨在传播知识,不代表本网认同其观点,若有侵权等问题请及时与本网联系,我们将在第一时间删除处理。
E-MAIL:11247931@qq.com
我本将心照明月 奈何明月照沟渠 沟渠志远达四海 汇纳四海亦枉然 作者是... 鼠尾草茶鼠尾草茶的作用及功效 鼠尾草茶鼠尾草茶的简介 鼠尾草茶 薰衣草花茶怎么存放 王者荣耀怎么和别人对比战力 王者荣耀多少分一段分路战力 分路战力分段表 王者荣耀 王者荣耀荣耀战力对比在哪看? 桑树桑黄迷萤叶甲生活习性 下巴关节张嘴就疼 怎么推广淘宝或天猫上的商品赚佣金? 天猫商城的佣金收费模式为何能取得成功? 给淘宝或者天猫写一些假的评论会让你挣钱这是真的还是假的 银行内部人员用我的身份办理的*扶持小微企业无利息贷款,无抵押,公务员担保,人数很多,钱无法追回? 签了保险回执单,已扣款了,合同没签,如何撤保 保单回执签收不成功 保单不签收回执的后果 实木地板和复合木地板哪个更耐用?你会怎样选择? 温岭市新河镇到石塘镇开车怎么走?去看石塘镇的石头结构房屋 江西乐平礼林镇石塘村拆迁是真的吗 石塘小镇是怎么形成的? 农村户口在农村没有地,想建房子怎么办? 浙江石塘古镇在哪里 浙江省温岭市石塘镇,三面环海,一面背山,民居依坡而建,房屋的墙、屋顶都是用石头和岩块构成(如图所示 广西玉林石塘坡农村建房子是否需批建? 石塘人家哪一年对房屋改造的 温岭石塘镇这个地方怎么样? 石塘镇东方花园怎么样?好不好?值不值得买? 在石塘镇上买房子,需要多少钱? 求大神打包一份,公益广告的背景音乐和科技感广告的背景样音乐,谢谢! 有没有比魅族mx2更好的手机 相同价格的。小米,华为,魅族哪个手机好? 买魅族mx3,买那个版本更好,还有那款手机可与魅族mx3想比。。。 中软国际有哪些产业命题入围第七届中国国际“互联网+”大学生创新创业大赛? 梦见和爱人一起去买被子 冬天呢大衣脏了怎么办,告诉你一个你不知道的呢大衣清洗方法 好朋友之间就要有共同爱好和话题么? carlf.bucherer手表多少钱 好朋友间怎样相处? 好朋友之间该怎么相处? 好朋友分别要有仪式感,朋友之间需要仪式感吗? 好朋友应该要做到哪几点呢 朋友之间就要什么都说吗? 面部拉皮除皱方法有什么啊,面部拉皮 “纳晶纳米微针”是什么? 电动微针vc后注意什么 好朋友之间应该事无巨细地说出自己的事情吗? 健康保险/人寿保险/年金保险属于人生保险吗??? 为什么开机输密码老是不能进入界面,一直在输密码的界面!一下子又自动跳转到输密码的界面 长沙银行卡绑定手机和网银,可以在其他银行绑定吗?不在长沙银行绑定,可以吗?
  • 焦点

最新推荐

猜你喜欢

热门推荐