引物的TM值如何计算
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发布时间:2022-04-28 21:35
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热心网友
时间:2023-09-16 19:17
Tm(解链温度)是指50%双链被解开成单链时的温度。寡核苷酸浓度和盐浓度会影响Tm值的大小。
Tm 值 有 多 种 计 算 方 法 。我 们 使 用 近 邻 法 ( P N A S 8 3 ,3 7 4 6- 5 0 )来计算。用这种方法计算前,也有多种方法来估测。如果是15个碱基以下,那么有一种好的方法来估算,对于A和T,可以乘以2癈,对于C和G,可以乘以4癈然后相加,这叫做Wallace法则。
Tm= 2℃ (A + T) + 4℃ (G + C)
另一种方法来估计长链中GC含量
Tm = 81.5 + 0.41(%GC) - 500/L + 16.6 log[M]
(L:寡核苷酸的长度;M:1价阳离子的浓度)
但这些方法不能消除碱基堆积的影响,结果并不准确,所以近邻法被广泛的应用。但是,对于在60-70 bp或15bp以下的寡核苷酸的测定,近邻法还是有缺点。
Bioneer使用的近邻法具有新的特点。它考虑到在退火过程中不同的碱基序列的影响,并且通过热力学来测定,可以更有效的测定Tm值。比如5' -GC-3' 和5' -CG-3'的序列用热力学方法测定结果是不同的。计算方法见截图:
依靠热力学方法,焓和熵通过两个碱基来确定。[salt]是指一价阳离子的浓度,[Oligo]是指反应过程中的寡核苷酸浓度。R是指气体常数(1.987 cal•K-1mol-1)。Bioneer用近邻法计算Tm值时,使用的是50 mM的盐浓度和1 nM的寡核苷酸的浓度。
Bioneer会给每一个用户提供Tm值,但这只是估计值,我们不能保证精确性,因此这个值仅供用户参考。
如果没有扩增出产物,你可以把退火温度降到Tm值以下4~5癈。如果有许多非特异性的产物,你需要改变实验条件如提高退火温度以得到正确的产物。
热心网友
时间:2023-09-16 19:17
Tm值就是DNA熔解温度,指把DNA的双螺旋结构在热变性过程中紫外吸收值达到最大值的1/2时的温度。不同序列的DNA,Tm值不同。DNA中G-C含量越高,Tm值越高,成正比关系。
核酸Tm值(解链温度)计算
评价标准是核酸所吸收的光线量达到其所增加吸收260nm光线的量的两倍达到的温度,
当核酸达到Tm值时,其260nm吸收量可增加百分之四十(紫外吸收量随解体程度而增加,直至完全解体。
长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中,Size = 引物长度。
热心网友
时间:2023-09-16 19:18
引物设计软件都可以给出Tm,引物长度,碱基组成,引物使用缓冲的离子强度有关。
长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)
对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:
Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size
公式中,Size = 引物长度。
引物的TM值如何计算
Tm 值 有 多 种 计 算 方 法 。我 们 使 用 近 邻 法 ( P N A S 8 3 ,3 7 4 6- 5 0 )来计算。用这种方法计算前,也有多种方法来估测。如果是15个碱基以下,那么有一种好的方法来估算,对于A和T,可以乘以2癈,对于C和G,可以乘以4癈然后相加,这叫做Wallace法则...
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所谓引物的Tm值,到底有多少
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怎么计算Tm值?
对于短的引物,如25核苷酸以下,Tm值的简易计算公式是:Tm = 4℃(G + C) + 2℃(A + T)。而对于更长的寡聚核苷酸,计算公式则稍微复杂一些:Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) - 600/Size,其中Size即为引物的长度。这个计算通常在专业的软件中进行,如Primer5.0、DN...
Tm值是什么?有何计算公式?
长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+]+ 0.41 (%GC)–600/size 公式中,Size = 引物长度。
Tm值计算方法
对于长度小于25mer的引物,Tm值的计算有一个简单的公式:Tm = 4℃(G + C) + 2℃(A + T)。这个公式考虑了碱基的种类对Tm值的影响,G和C的含量越高,Tm值通常越大,A和T含量越高,Tm值相对较低。然而,对于更长的寡聚核苷酸,情况稍有不同。其Tm值计算公式为:Tm = 81.5 + 16.6 x...
引物的TM值如何计算
引物的TM值,即解链温度,是指双链DNA在50%解离为单链时的温度,受寡核苷酸浓度和盐浓度影响。计算TM值的方法众多,其中近邻法则(PNAS 83, 3746-50)是常用的选择。对于短序列(15碱基以下),Wallace法则提供估算,即A和T乘以2℃,C和G乘以4℃后相加。然而,这些估算方法可能忽视碱基堆积效应,导致...
如何计算引物的Tm值?
负责引物合成的公司会给你引物的详细信息,其中有理论Tm值,应该是和这个公式Tm=2*(A+T)+4*(G+C) 计算的一样,你在进行调整优化即可。
PCR中Tm值如何计算?
引物设计软件都可以给出Tm,引物长度,碱基组成,引物使用缓冲的离子强度有关.长度为25mer以下的引物,Tm计算公式为:Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)对于更长的寡聚核苷酸,Tm计算公式为:Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size 公式中,Size = 引物长度....
PCR引物的Tm值怎样预测,有什么影响因素?
对于长度在20个碱基左右的引物,其Tm值的估算通常遵循一个简单的公式:2x(A+T) + 4x(G+C),这个估算值能够提供一个基本的指导。理想情况下,引物的Tm值一般设在60℃左右,以保证四种碱基ATGC在引物中的均匀分布,避免过多的A-T或G-C碱基堆积。此外,5'端的碱基推荐使用G或C,以增加稳定性。对...
知道引物如何求退火温度和循环次数
Tm值计算公式:20bp及以下的引物,T m = 4℃ (G + C)+ 2℃ (A + T)20bp以上的引物,Tm=0.41(% of GC)+81.5-675/Size(Size = 引物长度)。做PCR反应时设退火温度一般比Tm值低5°就行。循环数一般以30次为宜。